La Guerra de la Independencia Dominicana le dio a la República Dominicana su independencia de Haití en 1844. Antes de la guerra, toda la isla La Española había estado bajo el dominio haitiano durante 22 años cuando Haití ocupó el nuevo Estado independiente llamado Haití Español en 1822. Después de los esfuerzos hechos por patriotas dominicanos para independizar el país del dominio haitiano sobrevinieron una serie de batallas que sirvieron para consolidar la misma (1844-1856). Los haitianos hacían ataques incesantes para volver a dominar la recién creada República, pero con resultados fallidos.
En 1801, Toussaint Louverture llega a Santo Domingo y proclama la abolición de la esclavitud en nombre de la República Francesa. Poco después Napoleón envió un ejército que sometió toda la isla y la gobernó durante unos meses. Los negros y mulatos nuevamente se alzaron en contra de los franceses en octubre de 1802 y finalmente los derrotaron en noviembre de 1803. El 1 de enero de 1804, los vencedores declararon a Saint-Domingue como la república independiente de Haití. Después de la derrota a manos de los haitianos, una pequeña guarnición francesa permaneció en Santo Domingo. La esclavitud fue restablecida y muchos de los emigrantes colonizadores españoles regresaron. En 1805, tras coronarse emperador, Jean-Jacques Dessalines invadió la parte oriental, llegando a Santo Domingo, pero tuvo que retirarse ante un escuadrón naval francés. En su retirada a través del Cibao, los haitianos saquearon las ciudades de Santiago y Moca, matando a la mayoría de sus residentes e iniciando dos siglos de animosidad entre los dos países.
Los franceses gobernaban en la parte oriental de la isla hasta que fueron derrotados por los habitantes españoles en la Batalla de Palo Hincado el 7 de noviembre de 1808 y se vieron obligados a concretar la rendición definitiva de Santo Domingo, el 9 de julio de 1809, bajo la presión de la Marina Real Británica.
Las autoridades españolas mostraron poco interés en su colonia restaurada, y el siguiente período se recuerda como España Boba. Este desinterés por la colonia de Santo Domingo se debió a la Guerra de la Independencia Española y al proceso independentista en muchas de las colonias españolas en América. Otro pretexto por el desinterés en la colonia fue el agotamiento de todas las riquezas de la misma, también esta tenía poco estímulo para la producción de riquezas y bienes.
Los grandes ganaderos llegaron a ser líderes en el sureste donde la "ley del machete" gobernó por un tiempo. El ex capitán general y escritor José Núñez de Cáceres declaró la independencia de la colonia llamándola Haití Español el 1 de diciembre de 1821, solicitando la admisión a la República de la Gran Colombia.
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